クロニクルクエストは各年代ごとに専用エリアで行われます。
各年代ごとのクロニクルクエスト開始地点は、ゲストやパラサイトに関係のあるNPCから聞くことができる場合があります。
クロニクルクエストを開始すると、クエストをクリアするまで専用エリアから出ることはできません。

・各クロニクルクエストにはレベル制限が設けられています。
このレベル制限を越えてクロニクルクエストに参加すると攻撃力と防御力にペナルティを受けます。

クロニクルクエストの各ステージは、ステージ毎の条件を満たすことでクリアできます。
クリアの条件は、モンスターを倒してステージクリアに必要なアイテムを集める、該当ステージのボスモンスターを倒すなどがあります。
クロニクルクエストはクリアまでに複数のルートが存在します。褒賞のために困難なルートを選択するか、クリアのために最短のルートを選択するかはプレイヤー次第です。

一定ステージを過ぎると、弾薬と食料を補給できる休息エリアに進みます。
そこではNPCがいて、弾薬と食料を買うことができます。
なお、クロニクルクエスト進行中に遭遇するモンスターからは、お金や経験値といった褒章を得られない為、ステージクリア毎に褒賞が与えられます。
この褒賞はステージでの成果によって変化します。

クロニクルクエスト進行中にマップから脱出するには、以下の4通りあります。

1)戦闘中に負傷した場合
戦闘中に負傷すると、病院に移送するかどうかの選択肢が出現します。病院に移送を選択すると近くの病院に移送されます。

2)任務に失敗した場合
タイムアタックミッションなど任務を達成できなかった場合には、マップから自動的に強制退去させられます。

3)クロニクルクエストをクリアした場合
クロニクルクエストをクリアすると、終了地点から外に出ることができます。

4)ユーザーメニューウィンドウを使用した場合
ユーザーメニューウィンドウ([Y]キー)から、クロニクルクエストをあきらめて外に出ることができます。

・クロニクルクエストでは負傷しても、即効回復剤や復活剤を使用することはできません。
・クロニクルクエストの専用エリア外に出ると、脱出方法に関わらず、クロニクルクエストで獲得した全てのクエストアイテムが回収されます。

異なるルートを選択しても、最終的には同じステージにたどり着きます。
最後のミッションを終えると、その年代でのクロニクルクエストは完了となり、クロニクルクエスト終了地点に出ます。
クロニクルクエスト終了地点より外に出ることができます。

・クロニクルクエストは何度でも受けることが可能です。